כניסת הכהן הגדול לקודש הקודשים כשבאוויר ענן הקטורת היא תשובת היהדות לדתות שלא הצליחו להכיל את הקשר בין הא-ל הקדוש והאינסופי לבין העולם הזה, ועל כן כפרו באפשרות של קשר בין הבורא וברואיו. הגילוי של דבר ה´ הוא דווקא בכלים המוגבלים, מתוך ההסתר, ממלא במשמעות את ענן הקטורת: ה´ מתגלה דווקא מתוך הערפל, "ההעלם – סיבת ההתגלות"

אחרי מותם של שני בני אהרן פונה ה' אל משה, ומסדיר את אופן ההתקרבות של הכהן הגדול אל המקום הקדוש ביותר, אל קודש הקודשים. על פי המפורט, לא יכול הכהן לבוא "בכל עת אל הקודש". כדי להיכנס אל הקודש פנימה, לקירבה הגדולה ביותר של בן אנוש אל ריבונו של עולם, הוא חייב לקדש את ידיו ורגליו, לטבול, ללבוש בגדים מיוחדים, לכפר על חטאים שלו, של בני ביתו, של בני שבטו ושל העם כולו, ועם הכניסה פנימה עליו גם להעלות ענן של קטורת ולהזות את דם החטאות. ענן הקטורת, כך ניתן להבין מהכתוב, נועד לכסות ולהסתיר את הכפורת, ובכך להרחיק את האדם מהתגלותו של האלוהים: "וכיסה ענן הקטורת את הכפורת אשר על העדות ולא ימות". הקטורת, לפי הסבר זה, נועדה לטשטש ולהרחיק, והיא ממחישה את הפער הבלתי–ניתן לגישור שבין האדם ובין האל. מאחר והקטורת נועדה לשמור על הריחוק, הרי שאסור להיכנס לקודש הקודשים ללא ענן הקטורת.

תפישה זו של הקטורת אכן מצויה במקורותינו, אך אין היא התפישה המקובלת. במסכת יומא אנו קוראים שזה היה הסברם של הצדוקים להעלאת הקטורת. על פי דברי הצדוקים, מחייבת התורה להעלות את הקטורת עוד לפני הכניסה פנימה, כדי ליצור את ההסתר המתבקש בין האדם לאלוהיו. חז"ל העלו גישה אחרת, וכדי להבין אותה נקדים וניזכר במדרש אודות עקידת יצחק: לאחר שלושת ימי הליכה, נושא אברהם את עיניו "וירא את המקום מרחוק". התורה לא מפרטת מה ראה אברהם, והמדרש משלים את החסר ואומר שאברהם ראה "ענן קשור בהר". הענן לא ביטא ריחוק גרידא, אלא דווקא את המקום אליו אברהם שאף להגיע. ההסתר שבענן לא ביטא רק את עצם הריחוק, אלא גם את הפתח להתקשרות ולהתחברות. זוהי ביקורתם של חז"ל על דבריהם של הצדוקים. אמנם, הם אומרים, באופן עקרוני אכן ניתן להעלות את הקטורת עוד בחוץ, והקטורת אכן משמשת לריחוק. ברם, אין זה תפקידה היחיד; מעבר להסתר, נאמר גם "כי בענן אראה על הכפורת" – הקטורת גם מגלה את ה' בעולם, והענן מגשר על הפערים.

לכאורה, אין לך דברים מנוגדים ומרוחקים יותר מהאל הקדוש, המופשט והאינסופי, והמציאות הגשמית ומלאת החטא. ריחוק תהומי זה הביא דתות רבות לכפור באפשרות של קשר בין הבורא וברואיו. בגישתה של היהדות, הקוראת לחיבור ולגישור האלוהים והעולם הזה, יש סכנה גדולה, בה נפלו נדב ואביהוא: יכול האדם לחשוב שהוא הצליח, שהוא תפש והקיף את האלוהים, שהוא מבין את דרכיו ואותו לחלוטין. אדם שכזה טוען כי יש ערוץ פתוח בינו ובין ה', והוא "רואה אותו עין בעין", כדברי הפתגם. כנגד טענה כזו משמש התפקיד הראשון של הקטורת – הסתרה. אין ביכולת האדם לראות את הקב"ה באופן בהיר ומקיף לחלוטין, והקב"ה תמיד יהיה גדול מהשגתנו. מאידך, דווקא הסתר זה הוא הפתח להידברות: המציאות הנגלית, מלאת ההסתר והשאלות, היא המרחב שבו בחר הקב"ה לשכון ולגלות את רצונו. כאן, בעולם הזה, הניח אותנו ריבונו של עולם כדי שנתחקה אחרי עקבותיו ונגלה אותו. הגילוי של דבר ה' הוא דווקא בכלים המוגבלים, מתוך ההסתר, וזו המשמעות השניה של ענן הקטורת: ה' מתגלה דווקא מתוך הערפל, "ההעלם – סיבת ההתגלות".

מוקד ההתרחשות של עבודת הקטורת הוא בליבו של המשכן, בקודש הקודשים, בין בדי ארון העדות. הלוחות, המונחים בארון, מבטאים את ההתגלות של ה' במציאות. רצון ה' המתגלה בתורה הוא האופן שבו ראוי שיתנהל העולם הזה, רווי הסתירות וההסתרות, ולכן קריאת התורה היא הפעולה החותמת את עבודת הכהן הגדול ביום הכיפורים: אחרי שסיים הכהן הגדול את העבודות בהיכל ובקודש הקודשים, הוא יוצא אל העם ומקריא מספר התורה שהיה מונח בתוך הארון (על פי רש"י). בכך משלים הכהן את עבודת ההתקשרות של יום הכיפורים: התורה יוצאת מהפנים אל העם, אל העולם החיצוני והמוחשי, מורה לעם את הדרך אשר ילכו בה, וחוזרת פנימה, עד המפגש הבא.