הרב בנימין יוסף קלמנזון נולד בשכונת נווה שאנן בחיפה. בנעוריו למד בתיכון שאינו ישיבתי. עקב החלטה להתקרב יותר לתורה וליהדות עבר לקראת סוף התיכון לישיבה התיכונית נתניה, ומשם עבר לישיבת הכותל, שם התחנך אצל הרב ישעיהו הדרי – ראש הישיבה, הרב חגי איזירר – כיום דיין בבית הדין הרבני העליון, והרב שג"ר זצ"ל. בחלוף השנים שימש זמן מה כר"מ בישיבת הכותל וכן בישיבת ההסדר בקרית שמונה, ואחר כך, יחד עם חברו הרב עמי עולמי הי"ד ועם כמה מתלמידיו, הקים 'כולל' ללימודי דיינות ביישוב עתניאל. אותו כולל התפתח בסופו של דבר לכדי ישיבת בית הועד בעתניאל.
על חזונו להקמת הישיבה מספר הרב בני:
"חלמתי על ישיבה שהתלמידים בה הם לא תלמידים של תלמידי חכמים. הם לא מחברות או קלטות של מורי הוראה, גדולים ככל שיהיו, אלא אנשים שהם תלמידי חכמים בעצמם. הם יודעים לבד, הם חושבים לבד. יש להם את הכח לענין, יש להם את האישיות הבשלה לענין, יש להם את הידע המתאים. רציתי לגדל אנשים פתוחים עם חשיבה חופשית, עם תרבות גדולה ורחבה, כי עם ישראל היום זקוק לתלמידי חכמים רחבי תרבות."
הרב בני מספר כי לפני הקמתה של הישיבה בעתניאל היו באופן כללי שני סוגים של ישיבות: ישיבות שבהן הושם דגש על החוויה הרוחנית, על פיתוח אישיותו של עובד ה', וישיבות של 'למדנים' שבהן למדו בעיון ובאופן מעמיק, ודגש רב הושם על לימוד חומר בהיקף גדול ככל האפשר. הרב בני רצה להקים ישיבה בה העבודה הרוחנית והלימוד המעמיק ילכו יחד בזרועות שלובות: "צריך להבין שבשביל להיות חכם צריך להיות בעל תשוקה, כי מי שבעל תשוקה לדבר הוא מעמיק; ובשביל להיות בעל תשוקה, 'לא עם הארץ חסיד' – צריך להיות חכם. והדברים הללו לא רק שאינם סותרים האחד את השני, אלא הם משלימים האחד את השני." בכדי לפתח את אותה תשוקה מעביר הרב בני שיעורים רבים בחסידות – וכן סדנאות לפיתוח המודעות עפ"י תורת החסידות. "לימוד חסידות, קבלה ומחשבה משפר ומעמיק את הלימוד בעיון, ולימוד העיון מלמד לארגן ולבסס את לימוד המחשבה וליצור דמות אחדותית: לא אדם של קרעים קרעים, אלא אדם שיש לו עולם מובנה שלם. גם אם יש בו קרעים קרעים, שהקרעים יהיו מתוך תפיסת העולם השלימה, שלפעמים מכירה שבמישורים מסוימים יש בעולם קרעים."
המתחים הקיימים אצל אדם המנסה לשוט בשני מישורים אלו גם יחד – אכן גבוהים, ולא קיימת נוסחה מושלמת המאזנת בין כל הדרישות והעומסים המוטלים על לומדי בית המדרש. המינון המדויק של כל המרכיבים הוא אישי, פרטני ומשתנה אצל כל אחד ואחד. וכאן נכנס מרכיב נוסף במשנתו של הרב בני, והוא העבודה האישית של הרב עם התלמיד והיחסים שבין הרב והתלמיד: "החבר'ה שלנו פה היום נותנים לנו המון כבוד פנימי אמיתי, בלי דיסטאנס. כבוד זה לא 'כן הרב', 'לא הרב'. כבוד זה משהו שבן-אדם חש מבפנים, שאני יודע שאם אעיז ואגיד לו משהו -הוא ישמע אותי, הוא יתייחס למה שאני אומר. הוא לא יתעלם או יזלזל בדבריי בתוככי נפשו."
באמצעות שילובים אלו, רוצה הרב בני ליצור ישיבה ותלמידי ישיבה בעלי חיבור חיוני לעולם הסובב אותם:
"אנחנו ניסינו ליצר ישיבה אינטלקטואלית, אבל מאד מאד לא אינטלקטואליסטית. הכוונה היא שלא רק שהלימוד הוא במרכז – אלא שהלימוד הוא חלק מקונטקסט של חיי תורה שלמים, הלימוד הוא חלק מהחיים. הדרישה מיהודי היא לא רק ללמוד תורה בבית מדרש בפרק זמן מסויים בחייו בו הוא יכול לאפשר לעצמו לשהות באורח קבע בבית מדרש, אלא לעשות מבית המדרש עולם ומהעולם בית מדרש, בחינת 'בְּכָל דְּרָכֶיךָ דָּעֵהוּ' (משלי ג', ו)."
נושא קרוב במיוחד ללבו של הרב בני הוא נושא השואה והתקומה של עם ישראל בארצו. הרב בני הוא בן לאב שנותר שריד יחידי מכל משפחתו בשואה, ועובדה זו השפיעה עליו רבות. דרך נושא השואה והתקומה נעשה הרב בני "בעל מוטיבציה חריגה ודאגה חריגה בכל הקשור לקיום עם ישראל בתקופתו המופלאה ביותר מזה שלושת אלפים שנה" כהגדרתו. הרב בני משמש כמרצה להיסטוריה במכללת הרצוג שבאלון שבות. במקביל, הוא משמש כחבר מועצת יד ושם וחבר במועצה הפדגוגית של בית הספר להוראת השואה, וכן מדריך בכל שנה סיורי קבוצות של נוער ומבוגרים בפולין.
כמילות סיכום ותפילה מסיים הרב בני:
"ככל שמערכות היחסים בין חילוניים לדתיים והשלכותיהן מתחדדות, והופכות לחלק מגורמי השסע בחברה הישראלית מצד אחד, וככל שבעקבות זאת הן עולות על פני השטח, מתבררות ומתחוורות מהצד השני, מתברר שהישיבה שלנו חשובה, משמעותית, ומתבקשת. אני חושב שהדמות של תלמיד החכם שבעתניאל יכולה להיות הגשר, התלכיד שסביבו אפשר יהיה לגבש את החברה הישראלית בעתיד. כמובן שעתניאל לא נמצאת בענין הזה לבד, יש עוד הרבה יהודים בעולם שהם רציניים, מעמיקים, מורכבים ומבינים. לא כל הטובים והמופלאים נמצאים בעתניאל ולא כל מי שבעתניאל הוא בהכרח טוב ומופלא, אבל זו הרוח, זה הכיוון."